O presente trabalho trata-se de uma síntese de aproximadamente 17 meses de amostragens de fitoplâncton na área de maricultura da Enseada de Armação do Itapocoroy, município de Penha, Santa Catarina. Os objetivos foram conhecer as principais espécies de microalgas planctônicas ocorrentes no local, especialmente as espécies tóxicas ou potencialmente tóxicas; verificar as características das massas de água associadas às diferentes espécies ou assembléias de microalgas (salinidade, temperatura e transparência) e monitorar a ocorrência de densidades elevadas de espécies tóxicas ou potencialmente tóxicas para prevenir possíveis intoxicações pela ingestão de moluscos com acúmulo de ficotoxinas. Os resultados indicam a ocorrência de padrões sazonais de sucessão de espécies. Espécies potencialmente produtoras de toxinas diarréicas e amnésicas tendem a ocorrer nos meses de inverno e primavera. Entre o final da primavera e durante o verão a ocorrência de Trichodesmium spp. indica possibilidade de toxinas de cianobactérias. Alexandrium fraterculus - um potencial produtor de toxina paralisante - ocorreu em pequenas densidades e principalmente no inverno.