Este trabalho teve como objetivo avaliar a influência dos gradientes de salinidade e freqüência de alagamento sobre a distribuição e biomassa das comunidades de macroalgas associadas a troncos de manguezais na Baía de Babitonga, SC (26º15’S, 48º35’W). Para tanto as algas foram coletadas ao longo dos troncos em faixas de 10 cm desde o substrato até o limite superior de distribuição das algas, em manguezais próximos à margem, desde a porção mais oligohalina até a porção euhalina da Baia da Babitonga. Este material foi separado por espécie, seco em estufa até a obtenção de peso constante, e representado como biomassa de algas por área de tronco (g ms m-2). Para avaliar a variação das comunidades, foram utilizadas análises de agrupamento e PCA, considerando a biomassa por espécie em cada freqüência de alagamento e em cada estação amostral. A biomassa média de macroalgas na porção euhalina (195,9 ± 58,8 g ms (massa seca) m-2 por área de tronco) foi significativamente superior à da porção oligohalina da Baía (36,9 ± 13,5 g ms m-2) e, embora não tenha sido observada diferença significativa da biomassa das estações mesohalinas com as estações oligo e euhalinas, houve uma correlação positiva entre biomassa de macroalgas e salinidade (r2=0,83). Através de análise de agrupamento e PCA foi possível identificar a formação dos seguintes grupos: 1) região euhalina com freqüência de alagamento superior a 92% do tempo, dominada por Bostrychia montagnei; 2) região euhalina com freqüência de alagamento inferior a 92% do tempo, dominada por Bostrychia tenella; 3) região mesohalina, dominada por Bostrychia calliptera e Bostrychia pinnata; 4) região oligohalina dominada por Catenella caespitosa. Tanto o grupo constituído pelas estações mesohalinas como o constituído pelas oligohalinas foram divididos em subgrupos determinados por freqüências de alagamento maiores ou menores que 92%. Além das diferenças em termos de biomassa e espécie dominante, houve uma redução significativa na diversidade da região euhalina (15 espécies) para a região oligohalina (4 espécies). A consistência na formação de grupos de estações e níveis intermareais amostrados, evidenciou a importância da salinidade e do alagamento como estruturadores das comunidades de macroalgas de manguezais na Baía da Babitonga.