O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade intramareal e quantificar o transporte residual de nutrientes, Carbono Orgânico Particulado (COP) e Clorofila-a (Cla) no estuário do rio Camboriú, durante condições de maré de sizígia e quadratura. Foram realizadas 2 campanhas de amostragem de 25 horas, cobrindo dois ciclos de maré em cada. Nas campanhas foram obtidos registros de velocidade de corrente e perfis verticais de salinidade e temperatura, bem como amostras de água (superfície e fundo). A variação dos nutrientes foi maior na campanha realizada em condições de meré de sizígia. Na quadratura, o estuário ficou sempre estratificado e apresentou menor variação. Na sizígia o transporte resultou em exportação de NID, PID, Si e COP, respectivamente iguais a -2.6x104, -0.9x103,-9.9x103 e -1.9x103 (mol/d) e importação de Cla de 50 g/d. Na quadratura o transporte resultou em exportação de NID, PID, Si, COP e Cla de, respectivamente, - 1.5x104, -0.35x103, -23x103, -4.4x103 (mol/d) e -2.0x103 g/d. As maiores transferências de Si e COP na quadratura podem estar associadas ao período mais chuvoso em que ela foi realizada. O menor transporte de NID e PID pode ser explicado pela sua adsorção ao material em suspensão e/ ou ao consumo pelo fitoplâncton, no interior do estuário. Esta hipótese é apoiada pela exportação de Cla nesta situação.