O Estuário do rio Itajaí-Açu é um estuário altamente estratificado, e apresenta durante a maior parte do ano uma proeminente cunha salina. Devido a esta característica foi possível aplicar o modelo de caixa, baseado no teorema hidrográfico de Knudsen, para se estimar o balanço salino e o tempo de trânsito das águas fluvial e marinha no estuário. Este modelo possibilita verificar o estado estático das condições de mistura no estuário e não deve ser confundido com as condições médias do estuário. Uma característica positiva deste modelo é o fato dele precisar de um numero pequeno de parâmetros, como perfil de salinidade, volume do estuário e dados de corrente, estes últimos estimados a partir de dados de descarga fluvial. Foram analisados sete dias de dados, compreendendo um ciclo completo de maré (sizígia-quadratura). Dados de velocidade vertical, estimados pelo modelo, mostraram que as condições de maré de sizígia causam um maior grau de mistura. Para confirmar isto foi definido um coeficiente de mistura dado pela razão do conteúdo de água fluvial pelo de água de mistura, o que comprovou tal padrão. Quanto ao tempo de transito, verificou-se que em situações de média descarga, cerca de 215 m3.s-1, o tempo de trânsito da água marinha foi três vezes maior do que o da água fluvial. Os valores estimados foram de 13.2 horas para a água fluvial e 50.7 horas para água marinha.