O objetivo do presente trabalho foi de analisar geneticamente estoques naturais e de cultivo do molusco de maior importância econômica de Santa Catarina (Sul do Brasil), o mexilhão Perna perna. Dois locais foram escolhidos para a coleta de bancos naturais e para a instalação de cordas experimentais a partir de sementes obtidas do cultivo local. As cordas experimentais foram mantidas durante quatro meses para avaliação do crescimento dos mexilhões dos diferentes cultivos. O DNA foi extraído pelo método chelex-proteinase-k de músculo adutor e amplificado pela reação em cadeia da polimerase (PCR) utilizando oligonucleotídeos iniciadores (primers) para o microsatélite PMS-1. A separação dos produtos de PCR foi realizada num gel desnaturante de poliacrilamida 6%, os quais foram revelados com coloração de nitrato de prata. O loco nuclear obtido não mostrou diferenças significativas entre os estoques. De acordo com este loco, em Penha, os mexilhões cultivados não diferem geneticamente do estoque natural. No entanto, em Canto Grande estes diferem dos mexilhões do ambiente natural. Os tamanhos médios atingidos nas cordas experimentais e aqueles obtidos de indivíduos do ambiente natural foram maiores em Canto Grande que em Penha. As amostras de Canto Grande também mostraram provir de uma população que se afasta do equilíbrio de Hardy-Weinberg, devido a uma deficiência de heterozigotos. A distinção genética dos mexilhões cultivados de Canto Grande sugere que sementes de outras localidades podem ter sido usadas ocasionalmente pelos miticultores para a implementação de cordas de cultivo.