Este trabalho analisa a importância da pesca e da aquicultura no Território Sul Catarinense na ótica do desenvolvimento territorial sustentável. Um modelo de análise foi elaborado para orientar metodologicamente a pesquisa. Estudos preliminares indicaram a existência de quatro cadeias de valor relacionadas à pesca e à aquicultura no Território, com produtos oriundos da pesca industrial, pesca artesanal, carcinocultura e de tanques de água doce. Embora funcionem articuladas essas cadeias apresentam estruturas e graus de coordenação distintos, mas todas agindo de maneira incipiente no desenvolvimento do território. As debilidades relacionadas aos ambientes institucional e organizacional evidenciam a concentração dos ganhos obtidos por agentes que controlam as etapas finais das cadeias, demonstrando a necessidade de combinar aspectos ligados à preservação dos ecossistemas, fortalecimento de laços de cooperação e construção de empreendimentos que fortaleçam a participação econômica dos pescadores artesanais.