O presente trabalho tem como objetivo avaliar o impacto da atividade de dragagem de aprofundamento do Porto de Aratu sobre a estrutura da comunidade ictioplanctônica. As coletas foram realizadas em 6 estações de amostragem, tanto na maré enchente, quanto na vazante, antes, durante e após a dragagem. O ictioplâncton foi coletado utilizando-se rede bongo, malha 500 μm, em arrastos superficiais e os parâmetros da qualidade da água (temperatura, salinidade, pH, oxigênio dissolvido, turbidez, amônia e fósforo total) também foram determinados. Foram verificadas diferenças estatísticas significativa para a variabilidade temporal de todos os parâmetros de qualidade da água, exceto a turbidez, e nos índices estruturais da comunidade ictioplanctônica. O período da dragagem apresentou as menores densidades de ovos e larvas, além de menor riqueza e diversidade de táxons, com posterior recuperação no período da pós-dragagem. A análise multivariada de ordenação demonstrou uma separação bastante clara entre as amostragens, demonstrando haver uma variabilidade temporal na composição e abundância do ictioplâncton na área portuária de Aratu, em resposta as características oceanográficas da massa de água e alterações na qualidade, possivelmente associadas à atividade de dragagem.