A microbacia hidrográfica do rio Jundiaí Mirim abastece o município de Jundiaí e está inserida entre as regiões metropolitanas de Campinas e São Paulo, as duas principais do estado de São Paulo. Nessa região, problemas como a escassez dos recursos hídricos, bem como sua qualidade, conflitos entre usuários da água e poluição hídrica são parte da realidade enfrentada pelos órgãos gestores governamentais. O índice de estado trófico (IET) permite a classificação dos corpos d’água conforme aporte de nutrientes no sistema que acabam por estimular artificialmente a proliferação de algas e macrófitas, podendo ocasionar uma série de problemas, dentre os quais, proliferação de algas tóxicas, mortandade de peixes e mau cheiro. Já os macroinvertebrados bentônicos estão entre os organismos mais amplamente utilizados e reconhecidos como indicadores de qualidade do ambiente aquático respondendo a alterações na água, no sedimento e no entorno. O objetivo do presente trabalho foi avaliar a qualidade ambiental da microbacia do rio Jundiaí Mirim com base na avaliação conjunta do índice de estado trófico e na análise rápida da comunidade de macroinvertebrados bentônicos. Foram realizadas amostragens para determinação do IET e análise expedita da comunidade de macroinvertebrados bentônicos em quatro pontos ao longo da microbacia do rio Jundiaí-Mirim. Em conjunto os dados revelam uma situação preocupante da bacia que se encontra em processo de eutrofização, resultando em uma qualidade ruim de suas águas e sedimentos. Além disso, foi registrada a presença do molusco invasor Corbicula fluminea, espécie esta dentre os animais exóticos de maior preocupação no mundo em ambientes de água doce. Recomenda-se o desenvolvimento de um plano de ação com metas de curto, médio e longo prazo para a recuperação do ambiente a fim de se evitarem perdas ambientais e econômicas e desdobramentos sociais adversos. Um índice para análise rápida com macroinvertebrados bentônicos foi proposto.