As regiões costeiras têm exibido um rápido crescimento urbano sem, no entanto, estar associado a um adequado planejamento. Dentro das diversas fontes de alteração destas regiões estão as provenientes dos efluentes domésticos que são lançados através dos dutos de drenagem urbana. O sistema de drenagem urbana pode ser caracterizado como o conjunto de resíduos que percorrem as canaletas das vias públicas desembocando nos dutos também conhecidos como bocas de lobo. Além destas substâncias, a contaminação de áreas estuarinas pode ser ainda agravada pelas ligações residenciais clandestinas de esgoto junto a esta rede de drenagem. Este estudo objetivou investigar a resposta de associações bênticas, representadas pelo microfitobentos, macrofauna e meiofauna, frente ao coquetel de substâncias lançadas através da desembocadura de dutos de drenagem urbana. Para isso foram tomadas amostras imediatamente junto aos dutos de drenagem urbana e a aproximadamente 10 metros lateralmente em áreas com influência do lançamento de drenagem. Áreas controles igualmente estabelecidas e localizadas a aproximadamente 1000 metros distantes dos dutos. Parâmetros como salinidade, temperatura, pH, teor de matéria orgânica, granulometria, coliformes fecais e totais foram analisados juntamente com as associações bênticas. Os resultados deste estudo mostram que a estrutura das associações bênticas foram afetadas com a drenagem urbana. Locais com despejo direto de drenagem, apresentaram menor biomassa microfitobêntica. Do mesmo modo, a macrofauna foi menos diversa nesses locais. A meiofauna apresentou-se como um interessante indicador de perturbações ambientais, visto que sua diversidade e riqueza foram menores nos locais afetados pela drenagem urbana. O presente estudo alerta para as intensas descargas recebidas pelos ambientes aquáticos. Por tratar-se de uma poluição crônica, muitas vezes é considerada coadjuvante. Uma vez que os impactos causados referem-se não só as associações bênticas, como ao estuário inteiro é imprescindível que sejam realizados mais estudos envolvendo a resposta do estuário frente a essas perturbações.