Este estudo visou avaliar sazonalmente e espacialmente as principais formas de nitrogênio inorgânico dissolvido (NID) e matéria orgânica (MO) nas águas superficiais dos dois maiores rios da Ilha de Santo Amaro, o Maratuã e o Crumaú. Estes apresentam características físicas similares, porém com diferentes níveis de interferências antropogênicas. Foi definida uma estação oceanográfica na jusante de cada rio, e uma terceira a montante do Crumaú. Neste local, os baixos valores de oxigênio dissolvido (OD) e pH em meio as elevadas concentrações de N-amoniacal, estabeleceram elevada razão NID/MO, apontando assim o aterro sanitário como uma contribuição mais significativa de nitrogênio a essas águas do que os despejos de esgotos “in natura” (comunidade de palafitas), ambos existentes nos arredores da nascente deste rio. O acentuado declínio de NID nas águas a jusante do Rio Crumaú indicaram a volatização/desnitrificação como o principal processo de remoção. Por outro lado, a maior distancia dos efluentes/despejos e o bom estado de preservação do manguezal da região jusante do Rio Maratuã refletiram nas maiores concentrações de MO, onde a nitrificação provavelmente esteve significativa devido aos mais elevados teores de OD e percentuais de nitrato. Este íon obteve um aumento de 50% no período chuvoso, com concentrações máximas nas jusantes dos rios, onde as elevadas velocidades de correntes traz um alerta à eutrofizações também em águas do canal de Bertioga.