Com a crescente atividade sócio-econômica da mitilicultura na costa do estado de Santa Catarina, problemas relacionados com a identificação de novos sítios de cultivo tornaram-se prioritários. Dentre os mais diferentes métodos utilizados para análise de potenciais regiões produtoras, o estudo das taxas fisiológicas dos mexilhões enquadram-se como uma das mais adequadas, incluindo neste caso, o monitoramento de sítios já estabelecidos e problemas relacionados com a poluição ambiental. Este relatório faz referência a uma preliminar comparação entre duas áreas de cultivo do mexilhão Perna perna no litoral norte do estado (municípios de Penha e Bombinhas). Dados ambientais de temperatura, salinidade, material em suspensão e fisiológicos do mexilhão como crescimento, filtração, respiração e assimilação foram comparados. Os principais resultados deste estudo podem ser resumidos em: relação direta entre a temperatura e a taxa de crescimento e relação entre a salinidade e a taxa de respiração para os dois ambientes. O material em suspensão apresentou uma maior variabilidade ambiental influenciada pelos aportes continentais mas que necessitam de maiores investigações. A importância das taxas de maturação dos folículos embrionários dos mexilhões foi sugerida na relação com as taxas de filtração e assimilação. Em termos de produção, os ambientes mostraram maiores diferenças nos meses frios e similar resultados nos meses quentes. Entretanto, resultados conclusivos estão dependentes de estudos ao longo de um ciclo anual.