Este artigo apresenta uma caracterização preliminar das condições oceanográficas e biogeoquímicas dos estuários dos rios Tavares (ERT) e Defuntos (ERD), localizados no Saco dos Limões, Reserva Extrativista de Pirajubaé, Florianópolis, SC. Nos dias 30 de junho e 1 de julho de 2000 foram realizadas campanhas de coleta de dados em cada estuário durante ciclos completos de maré, 13 horas, sob condição de maré de sizígia. Nestas campanhas foram monitorados: velocidade e direção de corrente, salinidade, temperatura, material particulado em suspensão (MPS), pH e oxigênio dissolvido, e concentração de nutrientes inorgânicos dissolvidos (amônio, nitrito, nitrato, fosfato e silício). Apesar de estarem distantes menos de 1 km, os estuários apresentaram significativas diferenças na variação intramareal dos parâmetros amostrados. Os parâmetros observados no ERT apresentaram maior coerência com as fases de enchente e vazante de maré, ao passo que no ERD as variações apresentaram padrões mais complexos. Em termos de transporte residual, observou-se que o ERT exporta sedimentos e nutrientes para o Saco dos Limões enquanto o ERD importa sedimentos, porém exporta nutrientes. Além da influência principal da maré astronômica semi-diurna sobre os estuários, seiches também desempenham papel importante, apresentando estes períodos entre 1 e 2 horas.