Indicadores de qualidade ambiental, baseados em índices de comunidades biológicas, vêm sendo amplamente utilizados em programas de diagnósticos e monitoramentos ambientais. Novos índices de comunidades vêem sendo propostos com a finalidade de se refinar mais estas aplicações. Neste trabalho foi aplicado o índice de especificidade de hábitat buscando-se avaliar a especificidade das espécies e dos gêneros de Chlorococcales em relação ao hábitat, e a contribuição da especificidade relativa do hábitat, na escala de paisagem. Foi realizado um levantamento qualitativo das Chlorococcales fitoplanctônicas em 5 estações amostrais no trecho médio do rio Itajaí-Mirim, entre os municípios de Brusque e Botuverá, de forma a verificar os padrões deste grupo durante a estação de verão. Foram identificadas 31 espécies, distribuídas em 12 gêneros. O maior valor do índice de especificidade foi obtido na estação amostral localizada no município de Botuverá, e o menor índice na estação localizada na área urbana de Brusque. Nesta escala o índice de especificidade genérica demonstrou mais claramente a formação de grupos de especificidade de hábitat.