O estuário do rio Perequê apresenta dimensões modestas, sendo o principal aporte fluvial ao longo da Enseada de Porto Belo, e até o presente momento nunca havia sido investigado quanto às suas características oceanográficas. Foi realizada uma campanha de campo na qual foram monitorados durante um ciclo completo de maré variáveis físicas e químicas: nível da água, velocidade e direção de correntes, salinidade, temperatura, turbidez, pH, oxigênio dissolvido (OD), nutrientes inorgânicos dissolvidos (amônio - NH4+, nitrato - NO3-, nitrito - NO2-, fosfato - PO43-, e silício - Si) e clorofila-α. Foi realizado também um levantamento ao longo do estuário para avaliar a intrusão de sal. O estuário pôde ser descrito como um sistema com baixa capacidade de renovação de massa de água durante um ciclo de maré. As velocidades de corrente de enchente de maré foram mais intensas do que as de vazante, com valores da ordem de 0,5 e -0,21 m.s-1, respectivamente. A salinidade variou entre 17 e 29, com pouca estratificação durante a baixamar, e nenhuma durante a preamar. A variação temporal da salinidade apresentou um sistema de frente bem definido, onde durante a baixa mar observa-se águas menos salinas de origem estuarina, e na subida da maré e preamar, a água passa a apresentar características costeiras. As concentrações de nitrogênio inorgânico dissolvido (NID) atingiram taxas elevadas, alcançando 97,7 µmol.L-1, em conseqüência dos altos teores de NH4+ (74%), indicando aporte de esgoto doméstico e apresentando relação inversa com a salinidade. A clorofila-α apresentou relação direta com a salinidade, e tanto silicato quanto fosfato não apresentaram relação bem definida. A qualidade da água no baixo estuário foi determinada principalmente pelas trocas estuário-plataforma, e apresentou baixo grau de mistura horizontal entre as águas estuarinas e costeiras.