Os desembarques da pesca industrial no porto de Itajaí, (Santa Catarina, Brasil) têm sido monitorados desde 1995 pela Centro de Educação Superior de Ciências Tecnológicas da Terra e do Mar (UNIVALI) em associação com o Programa REVIZEE SCORE Sul (Recursos Vivos da Zona Econômica Exclusiva, Sub-Comitê Regional Sul). Os objetivos deste trabalho têm sido produzir dados contínuos de pescarias tradicionais e/ou emergentes, bem como de estimar capturas sustentáveis de espécies selecionadas. A metodologia desenvolvida para esse programa consistiu de visitas diárias de uma equipe de amostradores a pontos de desembarques representativos no porto de Itajaí para a obtenção de: (a) dados pesqueiros, (b) estimativas da estrutura de comprimentos das espécies selecionadas e (c) subamostras para análises biológicas. A otimização desse trabalho, depende da cobertura representativa dos desembarques e do desenvolvimento de um procedimento amostral padronizado e eficiente nos pontos de desembarque. O presente relatório descreve a metodologia empregada no programa de amostragem da pesca Industrial em Itajaí, ressaltando as limitações e estimativas de sucesso.