Frente a la tendencia de mercantilización y escala en Sistemas Agroindustriales, surgen los denominados Sistemas Agroalimentarios Diferenciados (SAD), basados en la agregación de valor a través de la diferenciación en el segmento productor. Al mismo tiempo que exige la realización de innovaciones, la continuidad del SAD depende del retorno de estos esfuerzos. Este trabajo tiene por objetivo comprender cómo la estructura de gobernanza entre productores y compradores influye, ex ante, la innovación y, ex post, la distribución del valor generado, en un SAD de carne bovina en Paraná. Para ello, se realizó una investigación cualitativa, descriptiva, mediante entrevistas semiestructuradas a 12 integrantes de un sistema agroalimentario diferenciado de carne bovina: dos agentes-claves, dos representantes de una cooperativa de carnes especiales y ocho cooperativas de productores. Se observó que la estructura de gobernanza adoptada es híbrida por acuerdo verbal, con base en el aspecto de las relaciones. Si bien esta estructura ha fomentado la innovación a través del intercambio de conocimientos entre los miembros organizados, la cooperativa ha participado pasivamente en este proceso. Destacándose la alta especificidad de los activos y la complejidad en las dimensiones involucradas en la transacción, medibles, pero no siempre medidas. Las fallas en la medición de los atributos de calidad dan lugar a fallas en la distribución del valor, lo que puede desestimular las innovaciones y el rendimiento del sistema. No obstante, se concluye que la inserción en estos sistemas diferenciados constituye una alternativa viable para la competitividad de los productores. Por tanto, los mecanismos de incentivo a la innovación, involucrando a los agentes públicos y la participación de la cooperativa en el proceso de innovación, pueden mitigar los riesgos asociados a las fallas observadas y favorecer al SAD.