El desarrollo de las naciones pasa por la generación de innovaciones. Así, la interacción entre Universidad y Empresa (U-E) aparece como un arreglo interinstitucional perteneciente al Sistema Nacional de Innovación (SNI), que posibilita la interacción entre la producción científica y tecnológica, que es esencial y estratégica en la generación de los procesos innovativos. El objetivo de este trabajo es analizar las dificultades y los mecanismos facilitadores presentes en el proceso de interacción U-E en las Universidades Públicas de Santa Catarina. Para ello, se realizó un estudio teórico empírico, descriptivo, ex-post facto, bibliográfico y estudio multicaso, adoptándose un abordaje cualitativo. Se realizaron entrevistas con los principales agentes de este proceso en las Universidades. La discusión del estudio fue orientada en tres categorías de análisis: contexto de las universidades, dificultades y mecanismos facilitadores de la interacción U-E. Entre las principales dificultades encontradas en el proceso de interacción, se destacan las legislaciones a las cuales las instituciones públicas están vinculadas, la ausencia de una política interna clara y de consenso dentro de las instituciones, plazos incompatibles y objetivos diferenciados. Los principales mecanismos facilitadores identificados fueron: resoluciones que tratan sobre la actividad de investigación, creación de un comité, coordinación y comisión de innovación, lanzamiento y reformulación de los núcleos de innovación tecnológica, incentivos gubernamentales para la realización de investigación cooperada, aproximación y creación de incubadoras y parques tecnológicos e inclusión de objetivos relativos a la interacción y al desarrollo tecnológico en el Plan de Desarrollo Institucional.