O desenvolvimento das nações perpassa pela geração de inovações. Assim, a interação entre a Universidade-empresa (U-E) aparece como arranjo interinstitucional pertencente ao Sistema Nacional de Inovação (SNI), que possibilita a interação entre a produção científica e tecnológica, a qual é essencial e estratégica na geração de processos inovativos. Objetiva-se neste trabalho analisar as dificuldades e os mecanismos facilitadores presentes no processo de interação U-E nas Universidades Públicas de Santa Catarina. Para tanto, realizou-se um estudo teórico-empírico, descritivo, ex-post facto, bibliográfico e estudo multicaso, cuja abordagem adotada foi a qualitativa. Foram realizadas entrevistas com os principais agentes deste processo nas Universidades. A discussão do estudo foi orientada em três categorias de análise: contexto das universidades, dificuldades e mecanismos facilitadores da interação U-E. Dentre as principais dificuldades encontradas no processo de interação, destacam-se as legislações às quais as instituições públicas estão vinculadas, ausência de uma política interna clara e de consenso dentro das instituições, prazos incompatíveis e objetivos diferenciados. Os principais mecanismos facilitadores identificados foram: resoluções que tratam sobre a atividade de pesquisa, criação de comitê, coordenadoria e comissão de inovação, lançamento e reformulação dos núcleos de inovação tecnológica, incentivos governamentais para realização de pesquisa cooperada, aproximação e criação de incubadoras e parques tecnológicos e inclusão de objetivos relativos à interação e ao desenvolvimento tecnológico no Plano de Desenvolvimento Institucional.