Las evidencias empíricas señalan que los Sistemas de Control de Gestión (SCG) pueden proporcionar apoyo a la toma de decisiones en las inyecciones de inversiones en startups. Así, este estudio investiga la percepción de los administradores de fondos de inversión sobre el diseño y uso del SCG de startups en las diferentes etapas del proceso de evaluación de la contribución financiera. Se realizaron entrevistas semiestructuradas con gerentes de tres fondos de inversión y se apoyó la construcción de evidencia empírica en el análisis de contenido de las narrativas. Los resultados revelaron con respecto al diseño del SCG, que el énfasis está en la capacidad del sistema proporcionar controles alineados: con el proyecto de la startup y perfil del emprendedor, en los riesgos asumidos y los recursos invertidos; y para la negociación de compra/venta de la participación del fondo, continuidad de la startup y la creación de valor. Con respecto al uso del SCG, el enfoque está en los controles dirigidos a: los riesgos asumidos y plan de acción; la valoración de la empresa e información para lograr el objetivo organizacional; e información que resalte la relevancia del fondo para la ejecución del proyecto y la creación de valor en la startup. Se concluye que el diseño y uso del SCG se presentan como impulsores del proceso de las inversiones financieras por los fondos de inversión en startups y la mitigación de riesgos inherentes.